协商解除合年假未休部分通常按日工资的300%进行赔偿。

当用人单位与员工协商解除劳动合年假的处理需依据《职工带薪年休假条例》及《企业职工带薪年休假实施办法》的规定。具体赔偿方式如下：

1. 年假天数计算：

   • 员工累计工作已满1年不满10年的，年假5天；
   • 已满10年不满20年的，年假10天；
   • 已满20年的，年假15天。

2. 未休年假工资计算：

   • 日工资标准为员工的月工资除以月计薪天数（21.75天）；
   • 未休年假工资报酬=日工资标准×未休年假天数×300%。

3. 协商解除合同时的年假处理：

   • 若员工在解除合同前未休完当年年假，用人单位应按上述标准支付未休年假工资；
   • 年假工资通常在解除合同时一并结算。

4. 特殊情况：

   • 若用人单位已安排员工休完当年年假，或已按规定支付了未休年假工资，则无需另行支付；
   • 若员工主动放弃年假，用人单位需留存员工放弃年假的书面证据。

总结：协商解除合用人单位应依法支付员工未休年假的工资报酬，确保员工的合法权益得到保障。员工在离职前，也应关注自己的年假情况，确保应得的年假工资不被遗漏。