食堂员工罚款制度并不合法，用人单位无权直接对员工进行罚款。以下是详细分析：

1. 法律依据

根据《行政处罚法》第8条规定，罚款属于行政处罚，只能由具有行政权力的机关行使。用人单位并非行政机关，因此不具备罚款的权力。《企业职工奖惩条例》虽然曾允许企业对员工罚款，但该条例已于2008年废止，现行法律未赋予企业此类权力。

2. 地方性法规支持

部分地方性法规也明确禁止用人单位罚款。例如，《广东省劳动保障监察条例》第51条指出，用人单位无权在规章制度中规定罚款内容。

3. 实际案例

某家具厂因“迟到罚款”引发争议，律师指出此类罚款行为违法，员工可向劳动部门投诉。员工在未经许可的食堂搭伙做饭被罚款的案例也表明，企业随意罚款容易引发法律纠纷。

4. 管理建议

企业可以通过合法的奖惩措施替代罚款，例如通过绩效考核、奖金激励等方式，既能规范员工行为，又避免法律风险。

总结

食堂员工罚款制度不仅违法，还可能引发劳动纠纷。企业应依法制定管理措施，确保员工权益不受侵害，同时通过合理手段提升管理效率。