举报公司违法行为通常不违反保密协议，具体需结合协议条款和违法行为性质综合判断。以下是关键分析：

1. 保密协议的核心目的

   保密协议主要保护商业秘密（如技术、工艺、配方等知识产权相关内容），而非用于掩盖或限制举报违法行为。

2. 违法行为不属于保密范围

   公司偷税漏税、使用盗版软件等违法行为，不属于商业秘密范畴，因此不在保密协议的保护范围内。

3. 协议条款的合法性要求

   若保密协议中包含禁止举报违法行为的条款，该条款因违反《反不正当竞争法》等法律法规而无效。

4. 公共利益优先原则

   举报偷税漏税、经济犯罪等行为属于维护公共利益，可能因法律规定的公共利益优先原则，不构成对保密协议的违反。

5. 潜在风险与应对建议

   若协议中存在模糊条款（如“工作内容”定义宽泛），建议通过法律途径确认具体范围。若遭威胁，可向劳动监察部门或司法机关求助。

结论 ：举报公司违法行为不违反保密协议，但需注意协议条款的合法性及举报行为的合理性。若涉及刑事责任（如侵犯商业秘密罪），需依法处理。