医保基金收支及运行存在的主要问题可归纳为以下五个方面，涵盖管理、政策、监管及信息化等核心领域：

一、收支失衡与基金缺口

1. 长期缺口问题 ：医疗费用持续上涨和人口老龄化加剧，导致医保基金收入难以覆盖支出，部分地区出现收支失衡。

2. 地区差异显著 ：不同地区医保待遇水平差异较大，难以实现全国统筹，加剧了区域间的保障不均。

二、管理不规范与资金流失

1. 收支账户管理问题 ：部分地方医保支出户未按规定计息或未将利息收入缴入专户，导致少收利息超400万元。

2. 征缴与清算漏洞 ：存在少收补缴医保资金现象，如退休人员因缴费年限计算错误导致少收资金。

3. 重复参保与违规操作 ：因信息不共享，部分人群重复参保；医疗机构存在超范围用药、乱收费等问题。

三、政策设计与执行缺陷

1. 报销政策不合理 ：报销比例、范围等规定模糊，易引发争议；对预防保健等健康保障支持不足。

2. 制度协调不足 ：医保、医疗、社保体系缺乏统一管理机构，信息共享和协同机制薄弱。

四、监管审核不严

1. 多支付现象普遍 ：审核不严格导致虚假报销、违规提取办公费用等问题频发。

2. 道德风险隐患 ：医疗机构和参保方为私利，存在过度医疗、滥用医保资源等行为。

五、信息化与区域差异

1. 系统效率低下 ：医保卡多为磁条/纸质卡，结算流程繁琐，易出错。

2. 区域保障差异 ：贫困地区覆盖面窄，富裕地区高额费用报销标准低，加剧公平性问题。

总结 ：医保基金问题需从完善政策设计、强化监管、优化管理流程、推进信息化建设及缩小区域差异等多方面入手，以实现可持续健康发展。