公司害怕员工申请劳动仲裁的原因主要包括以下几点：影响声誉、增加财务负担、破坏内部管理秩序、影响未来招聘。以下是具体展开：

1. 声誉受损

劳动仲裁往往伴随着负面新闻的传播，尤其是涉及劳动纠纷的案例容易被媒体关注。这不仅会对公司的社会形象造成负面影响，还可能降低客户、合作伙伴及潜在投资者的信任，从而影响公司的业务拓展和市场竞争力。

2. 财务负担加重

劳动仲裁可能导致公司支付高额赔偿金，包括但不限于经济补偿、加班费、社保补缴等。仲裁过程中的诉讼费用、律师费用等也会给公司带来额外的经济压力。对于经营状况不佳或规模较小的公司，这种财务负担尤为沉重。

3. 内部管理秩序受影响

劳动仲裁的发生往往暴露公司在人力资源管理上的漏洞，例如劳动合同不规范、规章制度不健全等。这不仅会影响现有员工的士气和工作效率，还可能引发更多员工的不满和效仿行为，从而进一步加剧公司内部的矛盾和冲突。

4. 未来招聘受阻

一些企业在招聘过程中会对申请劳动仲裁的员工保持警惕，甚至将其视为“高风险”候选人。这种偏见可能导致仲裁经历成为求职者的“污点”，影响其未来的职业发展。公司也可能担心因仲裁记录被潜在候选人发现，而影响招聘效果。

总结

劳动仲裁对公司的负面影响是多方面的，从短期到长期都可能对公司造成深远影响。公司需要通过完善管理制度、规范用工行为等方式，避免劳动纠纷的发生，同时提升应对劳动仲裁的能力，以减少潜在风险。