​​基本工资和补贴合并扣除是否合法，取决于劳动合同约定、补贴性质及是否影响员工权益。若双方明确约定补贴单独发放而企业违规合并，或导致社保、个税基数不合理变动，则属违法；反之若符合行业惯例且无权益侵害，通常合法。​​

1. ​​法律界定与合同约定​​
   工资包含基本工资、津贴、补贴等，法律未禁止合并发放。但若劳动合同或公司制度明确要求补贴单独支付，企业擅自合并即构成违约。例如高温补贴、交通补贴等专项补偿若被强制纳入工资且未说明用途，可能引发争议。

2. ​​税务与社保影响​​
   补贴合并后可能抬高个税基数或社保缴费标准。例如现金形式的餐补、节日福利需并入工资计税，而实物福利（如食堂餐卡）可能免税。若合并导致员工税负或社保支出异常增加，需重新评估合法性。

3. ​​行业惯例与合理性​​
   合理工资薪金需符合地区行业水平且有序调整。若补贴合并是普遍做法（如绩效补贴与工资统一发放），且未逃避纳税义务，通常被认可。但若企业通过合并降低显性工资、变相减少福利，则涉嫌违规。

4. ​​员工权益保护​​
   关键看实际影响：若合并后员工实得收入未减且社保、个税合规，一般不违法；但若变相削减福利（如取消独生子女补贴免税待遇），员工可主张权益。

​​合法性需综合合同、税务、行业规则及员工利益判断。建议保留书面约定，核对工资条明细，遇争议时咨询劳动部门或法律专业人士。​​