对于月薪5000元的员工，病假5天的情况下，通常会扣除的基本工资为1149元。具体扣款金额取决于公司的病假工资计算方式以及当地的相关规定。以下是详细的计算方法和影响因素：

1. 1.基本工资计算：月薪5000元通常指的是基本工资加上其他补贴的总和。假设基本工资为3000元，那么病假期间的扣款将基于基本工资来计算。每月工作日一般为21.75天（根据一年52周，每周休息2天计算），因此每天的基本工资约为137.93元（3000元÷21.75天）。病假5天的扣款为689.65元（137.93元×5天）。
2. 2.病假工资比例：根据《劳动法》和《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假期间的工资支付比例通常为正常工资的60%至100%不等，具体比例由企业自行决定。假设公司按照80%的比例支付病假工资，那么病假5天的工资为551.72元（137.93元×80%×5天）。实际扣除的金额为基本工资减去病假工资，即689.65元-551.72元=137.93元。
3. 3.其他补贴和福利：除了基本工资外，月薪5000元可能还包括绩效奖金、全勤奖、餐补、交通补贴等。这些补贴在病假期间的处理方式也因公司政策而异。例如，全勤奖通常在病假期间不予发放，而餐补和交通补贴可能按实际工作天数发放。假设全勤奖为500元，那么病假5天将扣除全部全勤奖。
4. 4.地区政策影响：不同地区的劳动法规对病假工资有不同的规定。例如，一些地区可能要求企业支付不低于当地最低工资标准的病假工资。在计算病假扣款时，还需考虑当地的具体政策。
5. 5.公司内部政策：一些公司可能有更优厚的病假政策，如全额支付病假工资或提供额外的病假天数。在这种情况下，病假5天的扣款可能为零或远低于上述计算结果。

月薪5000元的员工在病假5天的情况下，扣除的基本工资约为1149元，但实际扣款金额还需根据公司的病假工资比例、其他补贴政策以及当地法规进行综合计算。建议员工在病假前详细了解公司的病假政策和相关法规，以便更好地维护自身权益。