公司以员工手册为由开除员工，需根据具体情况进行赔偿，通常涉及经济补偿金或赔偿金。

1. 经济补偿金：

   • 计算标准：根据员工在公司的工作年限，每满一年支付一个月工资。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。
   • 工资基数：经济补偿金的工资基数通常为员工解除劳动合同前十二个月的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴等。

2. 赔偿金：

   • 适用情形：如果公司以员工手册为由开除员工，但该员工手册的制定或执行违反了劳动法规定，如未经过民主程序制定、未向员工公示等，则公司可能构成违法解除劳动合同。
   • 计算标准：违法解除劳动合同的赔偿金为经济补偿金的二倍，即每满一年支付两个月工资。

3. 其他补偿：

   • 未休年假工资：如果员工被开除时还有未休的年假，公司应按照员工日工资收入的300%支付未休年假工资。
   • 代通知金：如果公司未提前三十日以书面形式通知员工解除劳动合同，应额外支付员工一个月工资作为代通知金。

总结：公司以员工手册为由开除员工的赔偿问题，需结合具体情况分析。如果公司合法合规，可能只需支付经济补偿金；但若存在违法情形，则需支付赔偿金及其他补偿。员工应了解自身权益，必要时寻求法律援助。