员工入职3个月后缴纳社保属于违法行为，违反了《中华人民共和国社会保险法》相关规定。以下是具体分析：

一、法律依据

1. 法定缴纳时限

   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位应当自用工之日起 30日内 为员工办理社会保险登记并缴费。

2. 违法后果

   • 待遇享受受阻 ：医疗保险、生育保险等需连续缴费才能享受待遇，延迟缴费可能导致无法享受或待遇中断。

   • 经济赔偿风险 ：员工可主张经济补偿金，且**难度增加（如超过劳动监察时效）。

二、处理建议

1. 协商补缴

   与用人单位协商补缴前3个月社保费用，明确补缴时间表。

2. 投诉与仲裁

   • 向当地劳动监察部门投诉，要求责令限期缴纳。

   • 若协商或投诉无果，可向劳动仲裁机构申请仲裁，主张经济补偿及社保补缴。

3. 证据留存

   保留劳动合同、工资条、补缴申请记录等证据，便于**。

三、企业风险提示

此类行为可能面临行政处罚（如罚款），并损害企业声誉。建议企业遵守法律规定，从员工入职次日起及时参保，避免潜在法律风险。